清朝皇帝的正式头衔相当复杂，总共有十项之多。这些头衔具体包括：满洲之天聪汗、蒙古之博格达汗、中原之大皇帝、文殊菩萨之化身、东亚共主，再加上朝鲜统治者、琉球统治者、西域大伊玛目以及渤海、契丹、女真、吐蕃、回鹘、和卓诸直指挥使，同时还有黄海、渤海、东海、南海守护者等。如此众多且显赫的头衔，无不在彰显清朝试图建立的多民族统合秩序。也正因为有了这样的政治架构，清朝在一定程度上破解了困扰古代中国千年的民族整合难题，使得多民族共处与融合成为可能。满人、汉人、蒙古人、藏人等族群得以在同一片版图内和谐共存并共同发展，昔日作为军事防线的长城，也逐渐演变为象征历史的文化遗迹，静默地矗立在岁月长河中。
和硕特部掌控青藏地区 北方游牧民族对于西藏、蒙古以及新疆等辽阔区域格局的影响由来已久。明朝两百余年的统治期间，始终未能彻底摆脱北方边患的困扰。到了明末，北方势力逐渐分化为漠北、漠西、漠南三大体系，其中漠西蒙古势力最为强大，并进一步细分为四大部落，和硕特部与准噶尔部尤其引人注目。和硕特首领固始汗率领部众南下，逐步踏足青藏高原。1636年秋天，和硕特部攻占青海，1642年则继续南下，占据西藏地区，从而完成了对青藏高原的实际掌控。
准噶尔部控制蒙疆地区 1688年，漠西准噶尔汗国的噶尔丹跨越杭爱山，对漠北喀尔喀蒙古的土谢图汗部发动了迅猛的攻势。在这一系列扩张行动中，新疆地区以及蒙古大部逐渐被纳入其统治范围，准噶尔势力达到了鼎盛。当时的噶尔丹极为自信，他在写给康熙的信中甚至直言：“圣上君南方，我长北方。”字里行间流露出的，是对自身实力的极度张扬以及对天下格局的勃勃野心。
康熙亲自征讨噶尔丹 1690年至1697年间，康熙帝三次亲率大军北征，与噶尔丹展开正面交锋。随着战局的发展，噶尔丹逐渐陷入孤立无援的境地，最终在众叛亲离中选择了服毒自尽。清朝与准噶尔汗国之间，也因此迎来了长达二十年的短暂和平。但到了雍正时期，局势再度紧张，噶尔丹的继承者策妄阿拉布坦继续与清朝对抗。康熙五十五年（1716年），策妄阿拉布坦趁着和硕特部内乱之际出兵西藏，迅速攻占拉萨，和硕特首领拉藏汗战死，青藏地区的原有统治体系也随之瓦解。
清廷出兵收复青藏 和硕特部覆灭的消息传到清廷，引起了极大的震动。清朝担心准噶尔势力进一步南下青海，于是迅速制定了军事行动计划。1718年，康熙决定出兵西藏，2600余名清军入藏，但由于准备不足和环境恶劣，最终全军覆没，第一次进军以失败告终。1719年，清军重新调整战略，决定分两路大军再次入藏。北路军约一万两千人从西宁出发，南路军一万人由云南、四川调集，其中川军约七千人，两路人马分别从成都与丽江启程，在察木多会师。北路军也在此地集结后，继续向拉萨进发。1720年，清军经过激烈战斗击败了准噶尔势力，成功收复了西藏并将其正式纳入清朝版图。1723年7月，清军又发动了平定青海之战，历时九个月，最终成功收复了青海地区。
藏传佛教稳定青藏 在实现对青藏地区的军事控制之后，西藏与青海依旧多次爆发叛乱，地方统治秩序一度动荡不安。清廷在反复权衡后，决定通过宗教力量来强化治理，着重扶持藏传佛教中的重要分支黄教。黄教强调严格戒律、独身修行、不事农作，其组织结构也更便于纳入政治治理体系。清朝随之兴建了大量寺庙，并鼓励各家选送聪慧少年出家为喇嘛，同时给予喇嘛群体极高的政治与经济待遇，使其免于劳作、服役与赋税，衣食供给亦有保障。在这种制度安排下，宗教逐渐成为稳定地方秩序的重要支柱，青海与西藏的社会局势也因此趋于平稳。
乾隆平定准噶尔 雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦去世，其继任者噶尔丹策零再次掀起战火。雍正九年（1731年）的科布多之战中，清军遭遇重挫，清准之间的矛盾再度激化。进入乾隆时期后，清廷持续向西北用兵，先